Cycle Threshold

Cycle Threshold

Muitos leitores têm perguntado o que é o "cycle threshold" e qual a sua importância. É um assunto complexo mas vou tentar explicá-lo por palavras simples:

O PCR tem uma sensibilidade excelente que podemos considerar praticamente 100%. Assim, os falsos positivos são raros. Porém a sua especificidade pode deixar muito a desejar já que há inúmeros escolhos que a comprometem. Podem verificar isto em vários artigos científicos mas deixo-vos estes links que considero fiáveis:

http://www.ispybio.com/search/protocols/PCR%20protocol9.pdf 

https://www.jove.com/t/3998/polymerase-chain-reaction-basic-protocol-plus-troubleshooting

Muitos dos problemas podem ser ultrapassados pela escolha adequada dos primers e a quantidade utilizada, dos reagentes e das temperaturas, por exemplo.

Porém um dos escolhos que afecta a fiabilidade do resultado está no Nº de ciclos de amplificação, isto é a multiplicação exponencial que transforma um fragmento não detectável num imenso número desse mesmo fragmento que será assim detectável.

É verdade que aumentando o Nº de ciclos acima de 35 facilita a detecção daquilo que procuramos mas aumenta também a formação de subprodutos indesejáveis que darão resultados positivos na leitura que é feita posteriormente.

Outro problema é a detecção de fragmentos de RNA vírico que, como já foi provado, permanecem no corpo durante meses mantendo uma positividade que não corresponde à presença de vírus viáveis, passíveis de transmissão e infecção, mas sim de resíduos víricos que originam falsos positivos.

Se o PCR "clássico" usa 25 a 35 ciclos de amplificação, em cada caso particular o Nº de ciclos deve ser optimizado de modo a evitar os falsos positivos.

É o que foi feito em Maio/2020 cujo link já vos apresentei várias vezes: https://covidaba.com/wp-content/uploads/2020/05/Predicting-infectious-SARS-CoV-2-from-diagnostic-samples.pdf

Este trabalho foi aceite como referência pela OMS no seu Scientific Brief de 9/7/2020

Os autores provaram que a partir de 24 ciclos de amplificação o material detectado já não produzia uma cultura vírica nas células usadas em laboratório (Vero Cells) para a replicação dos vírus.

Encontram assim o "cycle threshold" ou "ct" ou em português o limiar como sendo de 24 ciclos (frisam bem que é um Nº de ciclos BAIXO) e encontram mesmo que a cada ciclo acima de 24 a probabilidade de desenvolver uma cultura de vírus diminui de 32%.

Espero ter sido suficientemente didática neste assunto tão complexo. Os especialistas no assunto que me perdoem, mas quando se escreve para leigos a simplificação leva inevitavelmente à imprecisão técnica.

Data: 
7 Nov, 2020
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